בתום דיון שנערך בשבוע שעבר קבעה המועצה הארצית לתכנון ובנייה כי "הוחלט לקבל את בקשת משרד התחבורה ולשוב ולדון במקטע הצפוני של התוכנית, ובכלל זה השילוב עם העיר חריש, בחינת תחנת נוסעים תת קרקעית וסוגיית הובלת המטענים בתת הקרקע".
בכיר במשרד התחבורה אמר כי בעקבות פיצול התוכנית, שצפוי לעכב את מימושה, השרה מיכאלי פועלת לזרז את הקמת חלקה הדרומי של מסילת מנשה ואת הקמת תחנת הרכבת באקה-ג'ת. משרד התחבורה מבקש לקדם את תחנת באקה-ג'ת כאלטרנטיבה לתחנת אחיטוב-עמק חפר של המסילה המזרחית.
לדברי גורם הבקיא בפרטי התוכנית, אחת הסיבות לכך שהחלופה שאינה כוללת את חריש לא נגנזת היא לחצים מצד ראשי כפר קרע, המעוניינים בחלופה המערבית מפני שהיא יותר רחוקה מהיישוב.